Los microorganismos de los sedimentos, que son componentes clave en la ciclos biogeoquímicos, pueden ayudar a atenuar estos impactos al acumular nutrientes y contaminantes. El Mar Menor, situado en el sureste de España, es un ejemplo de laguna costera fuertemente alterada por la pero la comunidad microbiana que habita en sus sedimentos permanece desconocida. Aquí, describimos las comunidades procariotas de sedimentos a lo largo de una amplia gama de condiciones ambientales en la laguna. Las comunidades microbianas fueron muy heterogéneas entre las estaciones, aunque se detectó un microbioma central. La microbiota estuvo dominada por Delta- y Gammaproteobacteria y miembros de la clase Bacteroidia. Además, varios grupos como los Asgardarchaeota, fueron detectados en proporciones relativamente altas. La textura del sedimento, la presencia de Caulerpa o Cymodocea, la profundidad y la ubicación geográfica se encontraban entre los factores más importantes que estructuran los ensamblajes microbianos. Además, las comunidades microbianas encontradas en las estaciones con las concentraciones más altas de elementos potencialmente tóxicos (Fe, Pb, As, Zn y Cd) fueron menos estables que las de las estaciones no contaminadas. Este hallazgo sugiere que las bacterias que colonizan las estaciones muy contaminadas son sensibles a los especialistas para cambiar.
