Las mejores prácticas de gestión (BMP) proporcionan una solución viable para problemas de contaminación de fuentes no localizadas. Los altos rendimientos de sedimentos y nutrientes sin control de retención dan como resultado el deterioro de las áreas circundantes. En el presente estudio, la herramienta de evaluación de suelos y aguas (SWAT) se desarrolló un modelo para la cuenca hidrográfica de El Beal, una cuenca antropogénica y no aforada ubicada en el sureste de España que desemboca en una laguna costera de alto valor ambiental. Se cuantificó la eficacia de cinco BMP (siembra en contorno, franjas filtrantes, reforestación, aplicación de fertilizantes y restauración con dique de control), tanto individualmente como en combinación, para probar su impacto en los sedimentos y reducción de nutrientes. Los resultados muestran que la presa de control es la BMP más efectiva con una reducción del 90% en la producción de sedimentos (S), 15% en total nitrógeno (TN) y 22% en fósforo total (TP) a escala de cuenca, seguido de la reforestación (S= 27%, TN = 16% y TP = 20%). Todos los valores de efectividad mejoraron cuando se evaluaron las BMP en combinación. Los resultados de este estudio podrían servir de orientación a los responsables de la toma de decisiones en el desarrollo de posibles soluciones a los problemas ambientales en una laguna costera.