El Mar Menor es una laguna costera con un alto grado de confinamiento y sometida a una gran presión antrópica. En 2015 se genera una alarma social por el deterioro de sus aguas debido a la proliferación de fitoplancton, y se plantean diferentes estudios que permitan un seguimiento del estado ambiental del sistema. Este estudio se centra en la caracterización de los procesos que afectan al intercambio de gases con efecto invernadero (CO2, CH4 y N2O) a través de la interfase agua-atmósfera. Para ello, se han realizado 2 campañas en situación de invierno y verano de 2018, donde además de la distribución de estos gases en la columna de agua, se ha evaluado su intercambio con el sedimento, así como un conjunto de variables complementarias que permitan una mejor interpretación de los procesos que afectan a sus concentraciones (salinidad, temperatura, concentraciones de oxígeno disuelto y clorofila). A partir de los valores de pH y alcalinidad total de la columna de agua se ha determinado la presión parcial de CO2, mientras que la concentración de CH4 y N2O se ha cuantificado por cromatografía de gases. Los resultados indican que el sistema se encuentra sobresaturado de CO2 y por tanto, el Mar Menor actúa como fuente emitiendo de forma global 1,5·108 mol CO2 año-1. El flujo de CO2 a la atmósfera es menor en verano, como consecuencia de una mayor actividad fotosintética de las praderas de fanerógamas. Respecto al CH4 se produce un aumento de la concentración en verano debido a una intensificación de los procesos de mineralización de la materia orgánica con la temperatura. El sistema se encuentra sobresaturado de CH4 y actúa como fuente hacia la atmósfera emitiendo 4,0·105 mol CH4 año-1. Por otro lado, el Mar Menor se encuentra subsaturado de N2O debido a su consumo en los procesos de desnitrificación, por lo actúa como un sumidero, capturando 3,5·104 mol N2O año-1 .