Los rasgos morfológicos del Macizo de Peñalara se formaron durante la última glaciación, lo que explica las características de alta montaña que presentan sus humedales y su flora; hay 242 estanques y lagunas de gran altura de origen glaciar, algunos de ellos temporales, así como algunos arroyos permanentes y temporales, y turberas dominadas por Sphagnum. El sitio también contiene 11 tipos de hábitats naturales en los que la vegetación sigue una distribución altitudinal clara, con pinos en las zonas más bajas y matorrales de gran altitud en las más altas. Todos estos factores se combinan para proporcionar una gran variedad de paisajes. (
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